Le programme opérationnel pluri-régional Plan Rhône initial a été validé par la Commission européenne le 20 décembre 2007. Après 2 ans d'existence, il a été constaté un faible avancement du programme et une réflexion s'est donc engagée afin d'envisager sa modification. Le document ci-dessous présente le programme opérationnel pluri-régional modifié. et validé par la Commission européenne le 21 avril 2010.
Le 24 novembre 2009, l'ensemble des partenaires du plan Rhône a approuvé, lors d'un comité de pilotage, l'identité visuelle du plan.
Le logo est composé de 5 pastilles contenant chacune une des 5 lettres du mot Rhône, symbolisant les 5 Régions partenaires.
La gamme de couleurs choisie, dans un dégradé de bleu et de vert, évoque toutes les couleurs du fleuve, de ses rives, de sa source à son embouchure.
Cette identité visuelle se retrouve sur l'ensemble des documents relatifs au Plan Rhône et permet notamment aux porteurs de projets de valoriser leur labellisation au titre de ce plan.